Предыстория:

С того момента как Люси вернулась к своим друзьям в гостиннеце, прошло 5 лет за это время диклониуссов стало еще больше и из-за этого были "Вырезаны" многие деревни, только ради того что бы найти древний амулет, который согластно легенде позволял человеку контролировать и управлять силой дракона сокрытою в амулете. Но эти поиски не увенчались успехом, хотя иследующая группа военных ученых с "Острова" нашла возможность объединить  с диклониусами некую силу которая называлась чакра, но успеха это недало и теперь подопытных стало еще больше. На улицах города начелось противостояние (выжевших после резни в деревушках) диклониусов, которым было все труднее скрывать свое происхождение в отличае от их противников называющих себя "Шиноби". Несмотря на это у них был общий враг, хотя распри были, но не такие сильные.

Сюжет:

На дворе 2009 год. Токио. Гостинницы "Клен" больше несуществует, охота на диклониусов продолжилась, и теперь единственное место, где еще сохранились нейтральные отношения к такому роду людей. Кота вместе с Люси открывют в Токио. Юка в это время заканчивает Универ и поступает на работу детективом в месное отделение полиции. В это время в Универе поисходят ряд странных убийств, на месте преступления не было ничего подозритеьного, свалив все на одного из шиноби Саске, он уходит из клана на поиски легенды О омулете дракона, а его друзья пытаясь доказать его невиновность пытаясь вернуть его начинают независимое расследование. Слух о преступлениях в Токио дошли и до гендиректора Какудзавы, теперь под удар встают не только дикланиусы, но и шиноби.
В это время в месной полиции Юка пытаясь испльзовать свое влиняе совмесно с главой полиции натыкаются на улику котороя должна внести ясность в суть происходящего - это тайные записи которые предположительно оставили преступники которые орудовали в универе. Но время не ждет и в Токио начелось притивостояние, начелся генацид, Шиноби и диклониусам теперь все тежелее появляться на улицах, стычки начели случаться все чаще и чаще, что же случится дальше, решать вам...